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<?php/**
 *    @package JAMA
 *
 *    Cholesky decomposition class
 *
 *    For a symmetric, positive definite matrix A, the Cholesky decomposition
 *    is an lower triangular matrix L so that A = L*L'.
 *
 *    If the matrix is not symmetric or positive definite, the constructor
 *    returns a partial decomposition and sets an internal flag that may
 *    be queried by the isSPD() method.
 *
 *    @author Paul Meagher
 *    @author Michael Bommarito
 *    @version 1.2
 */
 class CholeskyDecomposition {
 
 /**
 *    Decomposition storage
 *    @var array
 *    @access private
 */
 private $L = array();
 
 /**
 *    Matrix row and column dimension
 *    @var int
 *    @access private
 */
 private $m;
 
 /**
 *    Symmetric positive definite flag
 *    @var boolean
 *    @access private
 */
 private $isspd = true;
 
 
 /**
 *    CholeskyDecomposition
 *
 *    Class constructor - decomposes symmetric positive definite matrix
 *    @param mixed Matrix square symmetric positive definite matrix
 */
 public function __construct($A = null) {
 if ($A instanceof Matrix) {
 $this->L = $A->getArray();
 $this->m = $A->getRowDimension();
 
 for($i = 0; $i < $this->m; ++$i) {
 for($j = $i; $j < $this->m; ++$j) {
 for($sum = $this->L[$i][$j], $k = $i - 1; $k >= 0; --$k) {
 $sum -= $this->L[$i][$k] * $this->L[$j][$k];
 }
 if ($i == $j) {
 if ($sum >= 0) {
 $this->L[$i][$i] = sqrt($sum);
 } else {
 $this->isspd = false;
 }
 } else {
 if ($this->L[$i][$i] != 0) {
 $this->L[$j][$i] = $sum / $this->L[$i][$i];
 }
 }
 }
 
 for ($k = $i+1; $k < $this->m; ++$k) {
 $this->L[$i][$k] = 0.0;
 }
 }
 } else {
 throw new PHPExcel_Calculation_Exception(JAMAError(ArgumentTypeException));
 }
 }    //    function __construct()
 
 
 /**
 *    Is the matrix symmetric and positive definite?
 *
 *    @return boolean
 */
 public function isSPD() {
 return $this->isspd;
 }    //    function isSPD()
 
 
 /**
 *    getL
 *
 *    Return triangular factor.
 *    @return Matrix Lower triangular matrix
 */
 public function getL() {
 return new Matrix($this->L);
 }    //    function getL()
 
 
 /**
 *    Solve A*X = B
 *
 *    @param $B Row-equal matrix
 *    @return Matrix L * L' * X = B
 */
 public function solve($B = null) {
 if ($B instanceof Matrix) {
 if ($B->getRowDimension() == $this->m) {
 if ($this->isspd) {
 $X  = $B->getArrayCopy();
 $nx = $B->getColumnDimension();
 
 for ($k = 0; $k < $this->m; ++$k) {
 for ($i = $k + 1; $i < $this->m; ++$i) {
 for ($j = 0; $j < $nx; ++$j) {
 $X[$i][$j] -= $X[$k][$j] * $this->L[$i][$k];
 }
 }
 for ($j = 0; $j < $nx; ++$j) {
 $X[$k][$j] /= $this->L[$k][$k];
 }
 }
 
 for ($k = $this->m - 1; $k >= 0; --$k) {
 for ($j = 0; $j < $nx; ++$j) {
 $X[$k][$j] /= $this->L[$k][$k];
 }
 for ($i = 0; $i < $k; ++$i) {
 for ($j = 0; $j < $nx; ++$j) {
 $X[$i][$j] -= $X[$k][$j] * $this->L[$k][$i];
 }
 }
 }
 
 return new Matrix($X, $this->m, $nx);
 } else {
 throw new PHPExcel_Calculation_Exception(JAMAError(MatrixSPDException));
 }
 } else {
 throw new PHPExcel_Calculation_Exception(JAMAError(MatrixDimensionException));
 }
 } else {
 throw new PHPExcel_Calculation_Exception(JAMAError(ArgumentTypeException));
 }
 }    //    function solve()
 
 }    //    class CholeskyDecomposition
 
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